A operação do aterro é uma etapa fundamental para o sucesso do empreendimento, ou seja, para que a disposição dos resíduos seja feita minimizando os impactos ambientais e sanitários.
A disposição segura e bem organizada dos resíduos distingue um aterro sanitário de uma disposição a céu aberto (lixão). Mesmo um aterro que tenha sido bem projetado e bem implantado terá sérios problemas ambientais se for mal operado.
Os procedimentos de operação do aterro sanitário, embora simples, devem ser sistematizados para que sua eficiência seja maximizada, assegurando seu funcionamento como destinação final sanitária e ambientalmente adequada dos resíduos sólidos urbanos gerados no município, ao longo de toda a sua vida útil.
Tais procedimentos devem seguir o Plano Operacional do Aterro Sanitário, documento de orientação que contêm informações sobre a organização e condução do aterro.
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De modo resumido, o plano deve prover uma detalhada explanação do seguinte:
Todos os procedimentos devem ser registrados em relatórios diários, relatórios mensais de consolidação de dados, formulários e planilhas apropriadas, além de plantas de reconstituição das obras efetivamente executadas. Esses elementos devem ser adequadamente numerados, catalogados e arquivados, de modo a propiciar a avaliação periódica do empreendimento, assim como o desenvolvimento de estudos e pesquisas referentes ao desempenho das instalações que o compõem.