Existem dois grandes sistemas tratamento que utilizam plantas aquáticas emergentes:
No Brasil, a preferência é pelo uso de sistemas de Fluxo Sub-Superficial (FSS), que podem ser divididos em dois tipos:
Existe ainda o chamado Sistema Combinado ou Híbrido, que consiste na utilização conjunta dos Sistemas de Fluxo Horizontal e de Fluxo Vertical, porém, construídos em células diferentes do mesmo sistema de tratamento.
Na rizosfera, ao redor das raízes e dos rizomas das plantas, é formada uma zona aeróbia. Nesta zona, existe uma intensa vida microbiológica, favorecida pela capacidade de transporte do oxigênio atmosférico pelas plantas emergentes, por suas folhas, caules e hastes, até a zona de raízes. É nesta zona que ocorre a oxidação da matéria orgânica pelas bactérias heterotróficas, a oxidação do nitrogênio amoniacal a nitrito e a nitrato pelas bactérias autotróficas e a volatilização da amônia.
Na zona anóxica, ocorre a transformação do nitrato a nitrogênio gasoso, pelas bactérias heterotróficas e a oxidação da matéria orgânica, utilizando o nitrato como receptor de elétrons.
A zona anaeróbia, os índices de remoção de DBO são alcançados devido à alta capacidade de decomposição das bactérias anaeróbias.
Este procedimento de inundação intermitente conduz a uma boa transferência de oxigênio. As bactérias responsáveis pela remoção de DBO e pela nitrificação estão presentes em todas as camadas do leito. Como nos SFH, as macrófitas também transferem oxigênio para a rizosfera, mas esta transferência é pequena quando comparada à transferência obtida no sistema SFV.